| 民進黨執政八年，邱義仁歷任總統府、國安會、行政院三大秘書長，最後更擔任行政院最有實權的副院長，總決一切重大政務和人事。民進黨執政八年的菁華都在他身上，他是阿扁之外唯一“完全執政”的人。
對邱義仁而言，他的人生在過去八年達到“登峰造極”的境界，短時間內歷任府院三大秘書長要職，能有如此公務際遇的人，目前可說“前無古人，後無來者”。他或許是一匹“千里馬”，但若沒遇上陳水扁總統這個“伯樂”，恐怕也不會有今天這樣的非凡紀錄。
阿扁是邱義仁最重要的“伯樂”
如果今天民進黨執政成績獲得滿堂彩，邱義仁肯定是最大功臣，足以躋身國之良相行列，功在黨國。但民進黨不過執政八年，就又被國民黨同一批前朝官員給輪替回去，足見人民對民進黨的政績有多麼不滿意。在算總帳的時候，阿扁毫無疑問是“頭號戰犯”，那邱義仁呢？
瞭解扁政府權力運作的民進黨人指出，如果阿扁是八年政績不佳的“正犯”，那邱義仁就是從旁協助、消極提供服務、但很有執行能力的“共犯”；不過，阿扁雖是提拔邱義仁的貴人，邱也傾全力幫阿扁分憂解勞，二人在政治上是生命共同體，但若要說邱義仁是阿扁的“自己人”，恐怕還有一段距離。
親近邱義仁的朋友說，邱對很多事情都有自己的想法，但不一定能講給阿扁聽，他瞭解自己是“客卿”的身份，也懂君臣之道，進退有據，該說的話他會說，但政治現實辦不到的話他就省下了；他對政治的本質瞭解透徹，知道沒有一百分的完美政策，只要有七十五分他就願意試試看，非常“務實”。
行政院官員形容邱義仁“很進入狀況”，甚至接近“爐火純青”地步，對國政熟悉度全黨第一，而且他能舉一反三，聽報告很快就抓到重點，問清楚利害關係後就立下決定，因此所有的反彈都指向他。不過也正因他有能力、願意承擔，在黨內輩分又高，所以才能被信任而委以重任。
用“政客”、“嘸讀冊”掩飾算計
這位官員以最近政權交接敏感期間爆發的諸多“弊案”為例，很替邱義仁抱屈，說台灣鉭震、華陽史威靈、圓山飯店民營化、台灣投資公司……等，若每一件事都換個角度來看，邱義仁為了幫國庫少虧一點錢、多賺一點錢，或為國政難題找出路，應該都是“政績”，他大可鄉願一點指示“繼續研議”，無限期拖下去，但他明快果決，決了別人不敢決的事，就被指控他A錢、違法，那在公門大概沒人敢認真做事了，“打太極拳”就好。
這位在媒體眼中的綠營“大內高手”，進入公務體系後還是一如以往的隨性，不喜歡繁文縟節，開會時沒有架子，內部會議問事客客氣氣，但對會中不表示意見、事後卻小動作一堆的人很生氣。行政院幕僚近身觀察：“他還是他！隨波逐流但不融入官場文化，是優秀的幕僚長，卻不適合做首長。”
他有高段的“政治數學”能力，很多決策他都精算過利害，張俊雄內閣在立委選前推出的“一週一利多”就是經典之作。只要是對民進黨有利、討好選民的政策，他會在決策時心虛自嘲是“政客”，不然就顧左右言他說“阮就是嘸讀冊”，但他心中衡量利益的那把尺，不唯有政黨利益，還有為弱勢主持正義的俠氣。
邱義仁有“化繁為簡”、“一語中的”的本事，很能補阿扁的不足、包容阿扁的情緒，而且他二次輔選阿扁選上總統，加上中間操盤縣市長、立委選舉，和阿扁默契極佳，但也因為他幫阿扁，而讓他在新系的革命摯友對他不諒解，一位總統幕僚表示：“現在邱義仁大概是純度只有六六%的新系成員。”
純度六六%的新系人
在民進黨派系政治運作中，邱義仁過去一向是色彩鮮明、算計精準的“新潮流大老”角色，他有理念、有論述能力、有政治方向感，只要有他在派系中運籌帷幄，新系子弟兵個個都變得驍勇善戰了，讓新潮流成為所有派系的“假想敵”，是黨內同志眼中最可怕又可恨的競爭對手，只因為“大家玩不過新潮流”。
因此，阿扁坐上大位後，邱義仁是最重要的拉攏對像之一，向來扮演“紅衛兵”角色的新系，也被外界說成是阿扁的“禁衛軍”。
新潮流對這種“推論”有異議，他們認為邱義仁在執政之後，已經淡出新潮流派系運作，只和吳乃仁、林錫耀等極少人有私下往來，他的權力來源是阿扁，所做所為沒有逾越阿扁意志，而且在最關鍵的時刻，他都站在阿扁的立場說話，和新潮流站在對立面。像新系反“排藍民調”，邱和扁並不反對，排藍民調案才會通過成為黨的決議；國務機要費起訴後，新系反扁，主張民進黨要和扁家人作切割，但邱不僅挺扁，還從國安會秘書長回任總統府秘書長，為阿扁辯護，“所以邱義仁早已是扁系，而不是新系人了！”
雖然邱義仁是新系口中的“包袱”，但所有與新潮流有派系恩怨的人，也都把新系的帳算在邱義仁頭上。最明顯的是，只要黨內有什麼事喬不定，阿扁都找邱義仁去溝通，因為新潮流的壞人緣、難溝通也是黨內出名的，找邱義仁用新系的語言去溝通還比較容易說得通。
邱義仁經過府院三大幕僚長的歷練，吸取民進黨八年執政菁華，行政功力大增，可說是除了阿扁之外，民進黨唯一“完全執政”的人。他伴君如伴虎地幫阿扁做了整整八年的事，某種程度而言，他形同阿扁的“義肢”，阿扁主政不能一天沒有他。
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