1999年10月12日，巴基斯坦總理謝裡夫宣佈解除穆沙拉夫的參謀長聯合委員會主席等所有職務。穆沙拉夫隨即宣佈解散政府，成立國家安全委員會，親自出任首席執行官。

　　2001年6月20日，穆沙拉夫宣佈終止拉菲克·塔拉爾的總統職務，並於當天宣誓就任總統，成為巴基斯坦歷史上第四位軍人總統。他多次承諾，將在2002年10月大選之後將國家行政權力移交給新任總理。

　　2001年9月17日，美國發生“9·11”恐怖襲擊事件後，穆沙拉夫表態巴基斯坦將堅定與美國站在一起，同時派遣一組高級軍官前往阿富汗，要求塔利班政府交出本·拉登及其高級助手。

　　2001年9月20日，穆沙拉夫通過全國電視講話再次強調，巴基斯坦將與美國聯手抓捕本·拉登。

　　2002年1月12日，穆沙拉夫聲明，巴基斯坦不會成為任何恐怖組織的基地，並且發出打擊極端主義勢力的號令。巴斯斯坦被美國視為反恐戰爭中的親密盟友。

　　2002年4月6日，穆沙拉夫宣佈將舉行全民公決，並稱自己並不是對權力飢渴的人。

　　2002年8月21日，穆沙拉夫提出對巴基斯坦憲法進行29處修改，這次修改賦予總統解散國民議會、任免總理、否決政府最高大法官任命等大權。

　　2002年9月12日，穆沙拉夫訪美，表示美國攻打伊拉克的決定會激怒巴基斯坦國內及其他地區的伊斯蘭極端分子，巴基斯坦不想參與到戰事中。

　　2003年12月25日，穆沙拉夫在首都伊斯蘭堡附近的拉瓦爾品第市逃過一次暗殺，這是11天中發生的第二次暗殺行動。

　　2006年9月，穆沙拉夫發表自傳《在火線》。

　　2006年9月27日，大選前幾個月，穆沙拉夫宣佈解除巴最高法院首席大法官伊夫提哈·穆罕默德·喬杜裡的職務，引起全國律師的不滿，發起反對穆沙拉夫的抗議。

　　2007年7月10日，巴政府軍強攻紅色清真寺，穆沙拉夫表明政府根除毒瘤的決心，要將藏匿在寺中的恐怖分子一網打盡。

　　2007年7月20日，巴高等法庭推翻總統穆沙拉夫將首席大法官喬杜裡撤職的決定。

　　2007年10月6日，穆沙拉夫在總統選舉中獲勝，但是反對派發起示威遊行。

　　2007年11月3日，面對國內反對之聲，穆沙拉夫宣佈全國實行緊急狀態，並頒布臨時憲法令。

　　2007年11月28日，穆沙拉夫卸下軍裝，轉型文職總統，由基亞尼接任他的軍隊職務。

　　2007年12月27日，總統候選人貝·布托在拉瓦爾品第遇刺，穆沙拉夫面臨困境。

　　2008年2月18日，巴基斯坦舉行議會選舉，支持穆沙拉夫的穆斯林聯盟(領袖派)落敗，兩大主要政黨人民黨和穆斯林聯盟(謝裡夫派)在選舉中獲勝。

　　2008年8月7日，謝裡夫以及貝·布托的丈夫扎爾達裡發表聯合申明稱，準備彈劾穆沙拉夫。

　　2008年8月18日，重重壓力之下，穆沙拉夫宣佈辭職。